海关税收的经济职能是指海关税收所固有的、内在的、由其本职所决定的经济功能，主要表现在以下三个方面。
1、资源配置职能
海关税收资源配置职能是指在市场经济条件下，政府运用税收调节进出口商品的市场价格，使各种经济资源得到高效利用和最佳配置。海关税收资源配置职能的内涵极为丰富，不仅表现在对商品供求关系的调节上，还表现在对商品结构的调节上，最为主要的是通过对商品供求关系和结构的调整，可以达到保护本国产业和本国经济的目的。
(1)调节商品供求关系。
在市场经济体制下，商品的供求关系通过价格变动反映出来，当某种商品的价格上升时，反映出该种商品的需求超过供给，为平抑价格、增加供给，应降低进口商品的税收负担，提高出口商品的税收负担，扩大进口。可见，海关税收作为进出口商品价格的构成部分之一，税额的增减直接影响价格升降，从而影响商品供求关系。当国际市场价格发生波动并影响国内商品供求均衡时，海关税收也能有效阻隔国际市场对国内经济的不利影响。
(2)调节商品结构。
商品结构是指商品之间的比例关系，根据经济效率的要求，商品的比例关系应适应人们对各种商品的需求。进出口是对国内商品市场的调剂，当某种商品供过于求时，可出口该商品来平衡国内生产与消费的失衡，反过来当某种商品供不应求时，可进口这种商品。海关税收可以调节商品流动方向与数量，加重进口商品的税收负担，减轻出口商品的税收负担，就可以鼓励本国过剩商品的出口，抑制进口。
(3)保护本国产业和经济。
保护本国产业和经济是海关税收资源配置职能中最为核心的一项职能。传统上对这一职能的理解是，在进口环节征收的海关税收，提高了外国商品进入本国市场的成本，从而有效减轻了外国商品对本国同类商品的冲击，使本国发展相对滞后的一些产品和产业得到保护。在国际经济不断交融与发展中，海关税收的这一职能的内涵得到了延伸，对本国产业和经济的保护还体现在国家通过海关税收政策鼓励本国产品出口。例如，在当前国际金融危机的严峻形势下，我国取消和降低多数产品的出口关税以及提高出口退税率的政策，便是这一职能的体现。
2、收入分配职能
海关税收的收入分配职能表现在国际国内两个方面。在国内，由于海关税收对各种商品征收的税率有高有低，使各种商品的海关税收总体负担呈现差异，从而使不同收入阶层的税收负担不一致，调节收入分配。例如，世界各国一般都对进口非生活必需的奢侈消费品征以较高的关税，而对于关系民生的基本生活消费品征收较低的关税，甚至免税。
在国际方面，海关税收影响着国与国之间的利益格局。首先，海关税收的涉外性决定了一国的海关税收政策必然会对他国的生产和消费产生影响。例如，一国对进口商品征收高额的关税使得他国商品很难进入该国市场，从而使他国的生产和就业受到影响，当进口国为国际贸易“大国”时，这种影响体现得尤为明显;当一国对本国出口商品免征或退征相关税收，甚至对出口商品实施政府补贴时，进口国的消费者就能以较为低廉的价格消费这些商品，但进口国的生产和就业会面临较大的冲击。其次，国际经济利益的分配还取决于国际贸易中商品的价格。由于世界经济发展的不平衡，经济发展相对落后的发展中国家在国际贸易中处于依附地位，为此他们通常通过海关税收政策限制资源类商品的出口，引导一些附加值较高的商品出口。
3、宏观调控职能
宏观调控是指国家通过宏观经济政策调节总需求与总供给，使之达到均衡，从而实现一系列社会和经济目标。这些目标通常包括适度的经济增长、物价稳定、充分就业和国际收支平衡。这些目标能否实现，很大程度上取决于政府是否能有效调节社会总需求。在一个开放经济体中，社会总需求由消费、投资和净出口组成，海关税收的宏观调控职能体现在海关税收对净出口的直接影响上，当国内需求增长放缓时，推动出口增长往往是各国的一致选择，出口增长一方面直接扩大了总需求，另一方面引导投资增长，带动内需。
自我国恢复征收海关税收以来，海关税收就被赋予了宏观调控的职能，在开放程度不断提高的同时，此项职能也在不断强化。在当前国际金融危机的背景下，为了顺利实现预定的宏观经济目标，我国多次调高了出口退税率并降低了出口关税，总体上降低了出口环节的税收负担。在未来，海关税收政策仍然是我国财政政策的重要组成部分，海关税收的宏观调控职能还将进一步得到发挥。
