行政许可权是现代公共管理制度中唯一把强力控制和灵活适用结合起来的手段。行政许可权的自由裁量特征是由两方面原因决定的。
首先，行政机关承担的管理任务日益繁杂，标准参差不齐，不可能采用"全面禁上或全面放开"的简单方式对管理对象加以调整和控制。
例如，市政府不能因为行医行业个别人素质低、医术差而全面禁上该行业，也不能因为个别医生医艺高、服务好而全面开放这一行业。恰当的选择是制定统一可行的许可条件及标准，允许符合最低条件的医生从事该行业，以保证适格医务人员提供有效服务。而制定标准及审查相对人是否符合标准、决定是否发放许可证等行政行为就属于行政自由裁量问题了。
其次，法律只确定一般原则，很少涉及具体标准、条件，立法机关往往把具体标准的制定权及判断适用权赋予行政机关，让它自己决定许可的范围、具体条件、程序及是否发放许可证等事项。
这就赋予行政机关在法律原则之内具有很大余地的选择权，如美国纽约州的法律只是简单地规定州卫生部门"为了促进州居民健康事业提供保护"而进行各种管理，没有规定任何硬性标准。行使许可权的行政机关有权通过制定规章或更为详细的许可条件来实施其职责。例如，在一个地区允许有多少旅店餐馆完全是行政机关自己判断和决定的事，因为不同地区经济、社会条件差别较大，决非统一的标准所能解决。
行政许可权的自由裁量性主要表现在两个阶段：
第一阶段确定许可标准和条件。
要求许可机关在法定原则和范围内，考虑各方面因素，包括经济、技术条件、人员素质、基础设施状况、财政状况、管理能力以及地理、人口、环境等方面因素，制定切实可行、灵活有效的具体许可标准和条件。例如，行政机关在规定医护人员资格许可条件时，必须考虑当地的医疗卫生条件及现有医护人员的普遍素质水平，同时还应斟酌当地的人口、环境对医护人员的需求量。
第二阶段，判断申请人是否合乎标准、条件。
行政许可的最终结果在于判断申请人是否符合标准、条件，如果行政机关认为符合条件，就发放许可证或其他证明文件，反之就予以拒绝。
当然，许可机关的自由裁量权并不是漫无节制的，首先，它必须依照法律行使，包括符合法律目的、遵守法定程序、严守法定范围;其次，它还必须恪守特定主观原则。在英国称之为"合理性"原则，在美国又可解释为"非专断、反复无常或滥用权力"原则。也就是说："自由裁量意味着根据合理和公正的原则做某事，而不是根据个人意志做某事;根据法律做某事，而不是根据个人好恶做某事"。
