行政许可是以限制相对人行为自由为前提的管理形式。对某一行业、某一活动实行许可制度意味着首先禁止人们在这一领域内活动的普遍自由，然后规定标准、条件，允许符合最低条件的相对人从事这一活动。因此，确定许可制度，为行政机关设定许可权等问题直接关系到公民、法人在国家行政管理活动中享有的权利和承担的义务。如何对行政许可权的设定及许可权的行使加以法律控制是一个必须解决的问题。
首先，行政许可权必须由立法机关和最高行政机关设定。
我国的立法和行政体制决定了行政权的设定必须遵循中央、地方利益兼顾的原则，既要考虑中央统一管理的需要，也要重视各个地方发展不平衡的现实。行政许可权作为影响公民、法人重大利益的行政管理手段必须由国家立法加以控制和约束，这是设定许可权的一项原则，不能放任各级管理机关漫无边际地为自己或他人设定许可权、确定许可范围。目前我国许可制度比较混乱，许多设有行政许可立法权的行政机关随意为自己设定许可权，这无疑是对相对人权利的限制和剥夺。为了防止类似情况的出现，可拟从立法上统一行政许可权的设定问题。法律及地方性法规有权确定许可范围，为行政机关设定许可权。国务院行政法规也有权设定许可。国务院各部委局作为法律法规执行部门，虽然也享有一定的规章制定权，但无权自行设定许可权，只能在法律法规的授权范围内规定许可制度。
除此之外、任何行政机关的规范性文件都不应规定许可制度，只能根据法律、法规，通过规范性文件确定许可的标准、条件、程序等事项。
其次，虽然立法不可能规定十分具体的许可标准、条件和程序，但必须规定行使许可权的基本原则和方式。包括：许可必须遵循自由裁量权行使的基本原则;
许可权应局限于某一时间;受到权力侵害的人有权获得行政许可机关重新考虑的机会。立法还应规定司法监督。
最后，加强对许可权行使过程的法律控制。
对许可权的控制，既要从许可权的设定方面的考虑，也应从许可权的行使着手。我国行政诉讼法规定，公民、法人或其他组织对行政机关吊销许可证的处罚不服的，对行政机关拒绝或拖延发放许可证不服的均可向人民法院起诉，这无疑是控制许可权行使的重要步骤.
